Ciao pescenaufrago,
per prima cosa, se possibile, ti consiglio di formattare completamente quei dischi e partire con un installazione pulita.
Poi per fare un installazione/aggiornamento al boot devi scegliere l'opzione dedicata da Xpenology (trovi varie guide).
Ultima cosa, se non hai intenzione di aumentare successivamente il numero dei dischi meglio un semplice RAID1, sarà più semplice il recupero dati in caso di crash del sistema tramite Linux.