Todo eso se soluciona fácilmente, si creaste un RAID Group con todos los discos. Al NAS de Synology le da igual donde pongas los discos pues agrupará los discos según su RAID group. Yo he cambiado varios discos de sitio, de NAS, y de orden por esos mismos problemas de detección de discos y no he tenido problemas.
Comprueba que los discos están en el mismo RAID Group, y el DSM se encargará de mantener esa agrupación en el NAS donde los montes.