У меня 5 hdd с уникальными данными и я делал так с виндовой флэшкой, в режиме восстановления, через diskpart, можно конечно и линуксом на флэшке, там вообще это будет прямо в gui, но виндовая уже была. Форматнул два первых раздела на каждом из пяти дисков (может конечно второй раздел это лишнее, но на работоспособность это не влияет), записал флэшку с загрузчиком по новой, нашёл DSM в сети в аварийном режиме и восстановил в ручном режиме установки. Делов то. То что неудалось форматнуть динамические диски из под винды, это другое, там надо делать формат средствами машины, это ясно как день ..