Ich bin zwar nicht kugelfisch aber erlaube mir trotzdem ein Kommentar:
Entweder du erstellst dir ein Windows PE, also ein Windows, welches auf einem USB Stick läuft, oder aber du nimmst eine belibige Linux Distribution und bootest davon. Lade dir z.B. die akt. Ubuntu Desktop Version herunter, bringe sie auf einen neuen USB Stick und starte damit dein NAS (im Startmenu nur testen nicht installieren auswählen). Die Festplatten sollten dann erkannt werden. Ggf. benötigst du rein zu Testzwecken noch das Programm gparted welches du über den Terminal mit dem Befehl sudo apt-get install gparted installieren kannst.
Dieses Partionierungsprogramm zeigt dir auch HDDs an, die nicht sofort im Nautilus Dateimanager erkannt werden.
Wie du den Bootstick erstellst wird hier erklärt: http://www.itslot.de/2014/08/anleitung- ... stick.html