Присоединяюсь к вопросу. Железо другое, но проблема та же. Папки download, incomplete, watch создавал, ставил меняя настройки при установке и не трогая, пользователя transmission создавал, давал ему все права.
Через docker поставил, вроде бы заработал, gui подцепился, все качает раздает, но в директории где должны были быть скачанные файлы пусто