Итак отвечу сам себе. Всё получилось.
Так-как система поставлена на RAID-1 то соответственно раздел /dev/sd*1 располагается на двух дисках. Зашёл Gparted стёр оба, без создания файловой системы. Затем загрузился с флешки 6.0.2 1.01 Jun's mod в режиме Force Install. Нашёл на DHCP адрес полученный компом и вошёл на него браузером. Там светилось - "Конфигурация утрачена, подлежит миграции" и предложила установить всё заново. Чем я не преминул воспользоваться. С помощью РУЧНОЙ установки выбрал DSM_DS3615xs_8451.pat и успешно его установил. После этого он решил перегрузится и вот тут почему-то в меню grub сам по себе выбрался опять пункт Force install и система долго не могла очухатся. После жёсткого ресета и выбора в меню загрузки первого пункта на компе стало что-то активно разворачиваться и в браузере появилось окно по прописыванию нового пользователся с админским паролем. Ну а далее всё как обычно.
Во-первых в настройках было указано, что апдейты надо искать, но устанавливать я их буду вручную и буду оставаться в рамках текущей версии системы. После чего тут же прилетел 9 апдейт. Я его установил, но что странно, и о чём писали многие, система после апдейта и перезагрузки перестала видится в сети. Просто ещё один жёсткий ресет, обычная загрузка и вуаля всё на месте.
Во-вторых и наверное это самое главное - Данные на моём RAID'е все живы и здоровы. Завёл пользователей с теми же правами и паролями на нужные каталоги и все шары работают как ни в чём небывало.
В-третьих QuickConnect работает.
В-четвёртых совершенно нормально продолжает работать агрегация сетевых портов. У меня две сетевушки. Для обоих сгенерены и прописаны в загрузчик нужные MAC-адреса. Всё ОК.
Подитоживая всё вышесказанное могу дать совет у кого есть проблема с Recovery loop. Качаете Ubuntu, водружаете его на флешку, туда же ставите Gparted. С помощью Gparted стираете самый первый раздел и получаете систему как после Reset в оригинальном Synology. Сможете установить систему заново с сохранением своих данных.
Из оставшихся проблем это не корректное определение процессора и его количество ядер.
Определяет как Core i3 а на самом деле это Core i5 четырёхядерный. С учётом, что есть вариант запустить пару виртуалок на этой машинке, то ядра лишними не будут.
Ну вот как-то так.