Кому интересно, провел эксперимент по резервному копированию системы (одного раздела с системой) и флешки. При помощи лайф сиди с Acronis True Image - резервное копирование дисков и разделов - выбираю в нужном диске верхний раздел ext4 (галочку "Архивировать в посекторном режиме) - и так далее.
Затем "Восстановление - восстановить диски и разделы (ставлю галочку "в поссекторном режиме) - и так далее.
Точно также делал с самой флешкой, только галочки ставил на все разделы в диске, и когда восстанавливал тоже на все.
После восстановления системы и флешки система находится в состоянии "Готов"
Можно делать бэкап перед обновлением системы. Если кому нужно более подробно, может еще скриншотов скину