yo he actualizado a Update 3, y lo primero que note fueron problemas con el Deluge y con algunos paquetes, pero todo se debio cambios de permisos en las carpetas.
en cuanto para entrar por ssh, entre con tu usuario que este en el grupo de administradores, y en la linea de comando pon sudo -i te va preguntar dos veces pero asi ya tendras acesso root, ya que el user root ya no sirve en dsm 6