Попробовал повторить Вашу установку на Hyper-V, правда железо не такое навороченное. Обычные SATA диски, Intel Q9400, 8G.
1 Ваш трабл не подтверждаю, у меня установился отлично DSM-5.1.5022 на XPEnoboot_DS3615xs_5.1-5022.3.iso
2 этого сообщения не видел вовсе.
3 этот трабл присутствует, но учитывая Вашу инфу, не инициализировал Диск1 вовсе.
4 обновился в ручном режиме до 5 апдейта, проблем не встретил. (возможно из-за того, что не инициализировал Диск1)
ps соврал, одна проблема была. после какого-то апдейта отвалился диск, но перезагрузка помогла его снова увидеть без всяких "восстановлений"