Похоже программа не умеет работать с несколькими разделами, сначала я надеялся что переустановка Synology DSM 6.2.3 поможет, переустановил всё, но, оказалось надо было всего лишь переустановить пакет Surveillance Station на созданный JBOD диск, и уже тогда он работает именно с ним. Делать из трёх дисков один JBOD (1+2+2 ТБ) побоялся, 1 ТБ хоть и Purple, но, уже очень давно эксплуатируется.
Можно сделать бэкап камер (настройки) и бэкап системы DSM (настройки системы, учётки с паролями), сэкономил время.