Опишу метод как я вернулся к 6.2.3 update 3
1) Выключаем))
2) Достаем флеху и HDD
3) Переписал загрузчик заново на 6.2.3
4) Подключил HDD к винде, скачал программу "MiniTool Partition Wizard" выбрал первый раздел (Размер ~2.7GB) и отформатировал.
5) Все это добро вставил назад и через find.synology.com нашел хрень.
6) Произвел установку вручную (предварительно скачал на сайте *.pat с 6.2.3) и восстановил все настройки.
7) Обновился до 6.2.3 update 3 так же в ручную, скачав 6.2.3 update 3 с сайта.
Спасибо парни кто подсказал процесс, получилось не с первого раза, но получилось.
В следующий раз 3 раза подумаю прежде чем обновляться.