У меня ниже var, на втором уровне владелец у всех каталогов root, ниже не смотрел досконально, но встретились несколько файлов (не каталогов) у которых группа была не root. Еще как вариант, смотрите права в каталоге-шаблоне /var.defaults и делайте соответствующие в /var, может быть так будет правильней.
По поводу вебинтерфейса DSM - выходит у разных моделей сино отличаются вебморды, я честно говоря не знал, т.к. немного имел дело только с хренологией 918 и 3615.
По вопросу переустановки с восстановлением настроек - не имею пока должного опыта, если решитесь, напишите лучше в с