На флешку или SD карты ESXi ставился изначально во всех версиях. На серверах расчитанных на виртуализацию даже есть опция для двух встроенных SD карт которые можно зазеркалить. При таком варианте тратить встроенный диск на OS не надо. С USB 3 пока проблема даже в последней версии, как и с производительностью дисков. В какой то степени это компенсируется отличной системой кэширования, но для больших обьемов перекачек это не помогает. Самый лучший вариант использования ESXi это тот на который он расчитан - гибкий настраиваеный сервер для определенных задач, не для xранилища общего назначения. Для последней задачи NAS как раз подходит лучше всего установленный на голое железо.
Важно определиться с приоритетами. Если важнее хранилка, а пару маленьких серверов для "поиграться" , то VMM на XPEnology вполне достаточен. Для дома большинству это и надо. Если важнее высокая производительность серверов, а хранилище "так, что-бы было", to ESXi (или другая система специально ориентированная на виртуализацию) будет лучшим выбором.
В больших компаниях разделениe обычно очень явное. NAS для хранения (в том числе и хранения, бэкапов виртуалок), а мощные сервера с большой памятью и кучей процессоров - для виртуализации. При этом локальные хранилища на серверах для виртуалок минимальные, только для журналов. Все вирт-машины хранятся на тех-же NASах для удобства переноса между серверами.