Если запускается EFI Shell, то он либо в приоритете не в самом низу списка, либо всё же стоит присмотреться к флешке более внимательно.
Ничего не скажу про программу, не использовал, но как вариант, стоит записать загрузчик rufus_ом, предварительно очистить флешку чем-нибудь типа USB Low-Level Format, дабы избежать каких либо остатков на ней.
Если посмотреть на форуме про Supermicro и конкретно SYS-6047R CSE-846, то я не заметил каких либо особенностей настройки БИОС_а.
Ну и два процессора, вроде как имеются какие то особенности запуска , точно не скажу